Варианты исполнения набора HLA-Эксперт V1, V2 и V3 отличаются наличием или отсутствием 1 набора базовой химии для Иллюмины (MiSeq Reagent Kit v2 (500-cycles) или MiSeq Reagent Kit v3 (600-cycle)).
MiSeq Reagent Kit v3 (600-cycles) – позволяет одновременно секвенировать 288 образцов
MiSeq Reagent Kit v2 (500-cycles) - позволяет одновременно секвенировать 192 образца
На данный момент другие секвенаторы не валидированы.
MiSeq от Illumina.
Программное обеспечение позволяет выгрузить результаты по каждому образцу в виде таблицы генотипов. Типирование проводится на уровне групп P (http://hla.alleles.org/alleles/p_groups.html) и G (http://hla.alleles.org/alleles/g_groups.html).
Гены A, B, C HLA I класса и гены DRB1, DQB1, DPB1 и DRB3/4/5 HLA II класса.
На 288 образцов. 288 исследований означает типирование 288 образцов по 9 генам (A, B, C, DRB1, DQB1, DPB1 и DRB3/4/5).
При наличии проблем с результатами рекомендуется обратиться в службу клиентской поддержки ДНК-Технологии.
Если продукт WGA отсутствует или по результатам секвенирования виден профиль со значительной деградацией ДНК, то лаборатория должна рекомендовать клинике сделать ребиопсию (возможность проведения ребиопсии обсуждается уже с лечащим врачом/эмбриологом).
При получение одинаковых или очень похожих профилей эмбрионов (только в случае аномальных эмбрионов), полученных от одной пациентки, может возникнуть подозрение на неправильную биопсию (н-р, эмбриолог пробиопсировал один и тот же эмбрион дважды). В этом случае лаборатория должна уведомить клинику о получение подозрительных данных.
Решение данной проблемы может быть следующим: постановка теста на отцовство эмбрионам с одинаковым профилем; в случае, если это биопсия одного и тоже эмбриона, о может быть рекомендована повторная биопсия.
Чистота буфера для образцов
Контаминация
Входная концентрация ДНК
Условия хранения и транспортировки. Нарушение этих условий может привести к деградации материала, из-за чего полученные результаты будут неинформативными, ошибочными.
Неправильная пробоподготовка. Нарушение процессов пробоподготвоки может привести к получению неинформативных, ошибочных результатов.
В зависимости от договоронностей с клиникой – клиника может это делать самостоятельно, а может запрашивать буфер или уже раскапанные пробирки с буфером у лаборатории.