АнеуПГТ
Набор регентов АнеуПГТ предназначен для проведения преимплантационного генетического тестирования на анеуплоидии (ПГТ-А).
АнеуПГТ позволяет детектировать:
- изменение копий числа всех хромосом, включая половые;
- частичные дупликации и делеции (>10 Мб в автоматическом режиме);
- мозаичные изменения.
Принцип метода: полногеномное высокопроизводительное секвенирование с низким покрытием (shallow sequencing) в единичных клетках трофэктодермы.
Преимплантационное генетическое тестирование (ПГТ) проводится для эмбриона в ходе экстракорпорального оплодотворения (ЭКО) до его переноса в полость матки. ПГТ-А (тестирование на анеуплоидии) направлено на поиск изменений числа копий хромосом эмбриона (CNV). Обычно в качестве биоматериала исследуются единичные клетки трофэктодермы, получаемые в ходе биопсии эмбриона на 5-6 день его развития. Биопсия проводится эмбриологом в клинике ЭКО, затем образцы отправляются в лабораторию для исследования. По результатам ПГТ-А принимается решение о переносе эмбриона в полость матки.
Преимущества набора АнеуПГТ
- Набор имеет РУ.
- Адаптирован под секвенаторы NextSeq550/550Dx и MiSeq от Illumina, Геноскан 4000 от Сесана. Секвенаторы MiSeq и Геноскан 4000 пока не включены в РУ на набор реагентов.
- Решение под ключ — поставляем реагенты для полногеномной амплификации (WGA) и подготовки библиотек, комплект реагентов для секвенирования* и ПО для анализа результатов.
- Автоматическое заключение по генотипу.
- Программное обеспечение входит в реестр российского ПО.
- Доступна автоматизированная очистка библиотек.
- Возможность смешанных запусков с НИПТ.
- Обучение новых клиентов всем этапам работы
- Автоматическое формирование в ПО расчетных таблиц для смешивания реагентов и SampleSheet.
Внимание! Для работы необходимо комплексное решение - набор реагентов АнеуПГТ, комплект реагентов для секвенирования и программное обеспечение СекВарио АнеуПГТ.
Диагностические характеристики набора АнеуПГТ
|
|
| Разрешение по мозаицизму | от 20% анеуплоидных клеток |
| Ограничения метода | Полиплоидия |
| Номенклатура генотипа в ПО: | SCN 2020 |
Состав набора
| Комплектация | |||
| A.N.384 | В.N.384 | В.N.96х4 | |
|
Реагенты для полногеномной амплификации (WGA) |
+ |
+ |
+ |
|
Реагенты для подготовки и очистки библиотек (индексы в составе) |
+ |
+ |
+ |
|
Комплект реагентов для секвенирования |
- |
1 шт NextSeq500/550 High Output Kit v2.5 (75 Cycles) |
4 шт. NextSeq 500/550 Mid Output Kit v2.5 (150 Cycles) - 4 запуска по 96 образцов |
Технические характеристики
| Биоматериал | Биоптаты трофоэктодермы |
| Метод полногеномной амплификации (WGA) | Модифицированная MDA |
| Количество образцов (набор для WGA и подготовки библиотек) | 384 образца |
| Количество образцов в запуске секвенаторов | Зависит от используемой модели секвенатора, см.ниже |
| Время подготовки библиотек |
ручная методика - от 8 часов с автоматизированной отмывкой на МЧ – от 6 часов |
| Условия хранения |
плюсовая часть +2...+8° С минусовая часть -18…-22° С |
| Срок годности набора для WGA и подготовки библиотек | 12 месяцев |
| Программное обеспечение | СекВарио АнеуПГТ |
| Организация помещений | Этап WGA проводится в отдельной комнате чистой зоны в ламинаре II класса защиты |
| Автоматизация |
Доступна автоматизированная очистка библиотек на МЧ:
|
| Специфическое оборудование: |
|
|
Валидированные секвенаторы* |
Комплект реагентов для секвенирования |
Количество образцов в запуске |
Подходащая комплектация АнеуПГТ |
|
NextSeq550/550Dx (Illumina) |
NextSeq500/550 High Output Kit v2.5 (75 Cycles) – 1 шт |
384 |
В.N.384 |
|
NextSeq 500/550 Mid Output Kit v2.5 (150 Cycles) – 4 шт |
4 запуска по 96 образцов |
В.N.96х4 |
|
|
MiSeq (Illumina) |
MiSeq Reagent Kit v2 300 cycles (или 600 cycles) (не входит в набор) |
24 |
A.N.384 |
|
Геноскан 4000 (Сесана) |
FCH PE75 |
384 |
A.N.384 |
|
FCM PE75 |
192 |
A.N.384 |
* Использование других моделей секвенаторов на платформах, совместимых с Illumina (например, NextSeq 1000/2000), возможно после проведения валидации
