Версия базы данных IMGT в программе HLA-Эксперт обновляется регулярно (в течение 2-х недель с момента опубликования).
Данные секвенирования (FASTQ файлы) обрабатываются автоматически программным обеспечением с графическим интерфейсом, которое входит в комплект поставки набора (ПО HLA-Эксперт). ПО HLA-Эксперт устанавливается на обычный персональный компьютер (сервер не требуется, хотя может быть использован для повышения скорости расчетов).
Нет, не входит.
Валидированы наборы ПРОБА-МЧ Max, (ДНК-Технология, Россия) и MagNa Pure Compact Nucleic Acid Isolation Kit I (Roche Diagnostics GmbH, Германия). Возможность использования других НР для выделения ДНК необходимо уточнять у Службы клиентской поддержки компании ДНК-Технология.
Буккальный эпителий официально не валидирован в качестве подходящего биоматериала. По опыту, для образцов буккального эпителия чаще получаются невалидные результаты, чем для образцов крови. По-видимому, это связано с преаналитическим этапом, в том числе наличием сильных ингибиторов в части образцов.
Хранение и транспортировка образцов производятся при температуре от 2 °С до 8 °С не более 24 ч. В случае невозможности доставки материала в лабораторию в течение суток допускается однократное замораживание материала. Допускается хранение замороженного материала при температуре минус 20 °С в течение одного месяца.
Вакуумные пластиковые пробирки типа Vacuette объёмом 2,0 или 4,0 мл с ЭДТА в качестве антикоагулянта этилендиаминтетраацетата в концентрации 2,0 мг/мл. В качестве антикоагулянта допускается также использование цитрата натрия.
Цельная периферическая кровь.
Набор химии для секвенирования входит в комплектацию V2 (MiSeq Reagent Kit v2 (500-cycles) – 1 шт) и в фасовку V3 (MiSeq Reagent Kit v3 (600-cycle) – 1 шт). В комплектацию V1 не входит набор базовой химии для секвенатора, а входит только комплект реагентов для подготовки библиотек.
Варианты исполнения набора HLA-Эксперт V1, V2 и V3 отличаются наличием или отсутствием 1 набора базовой химии для Иллюмины (MiSeq Reagent Kit v2 (500-cycles) или MiSeq Reagent Kit v3 (600-cycle)).
MiSeq Reagent Kit v3 (600-cycles) – позволяет одновременно секвенировать 288 образцов
MiSeq Reagent Kit v2 (500-cycles) - позволяет одновременно секвенировать 192 образца
На данный момент другие секвенаторы не валидированы.
MiSeq от Illumina.
Программное обеспечение позволяет выгрузить результаты по каждому образцу в виде таблицы генотипов. Типирование проводится на уровне групп P (http://hla.alleles.org/alleles/p_groups.html) и G (http://hla.alleles.org/alleles/g_groups.html).
Гены A, B, C HLA I класса и гены DRB1, DQB1, DPB1 и DRB3/4/5 HLA II класса.